Die Anfänge der Bäckerei gehen bis ins Jahr 1896 zurück, als der Heppendorfer Bäcker namens Bernhard Merzenich nach Köln kam und in der Nähe des Pantaleonswall eine Bäckerei  eröffnete. Bernhard Merzenich galt als genauer und fleißiger Bäcker. Mit seinem hohen Anspruch an stets beste Qualität und seiner Back-Philosophie begründete er den guten Bäcker-Namen Merzenich in Köln.

Zehn Jahre später war für Bernhard Merzenich die Gegend am Pantaleonswall zu ruhig geworden und er fand in der belebten Weyerstraße einen geeigneten Standort für sein neues Bäckereigeschäft. Die Weyerstraße war in dieser Zeit eine wichtige Einkaufsstraße und die Verbindung zwischen Barbarossaplatz und Neumarkt.

Sohn Johann – Hans genannt - 1901 geboren, trat in die Fußstapfen des Vaters und erlernte in der heimischen Backstube das Bäckerhandwerk. Früh wurde er vom Vater in die Geheimnisse der Backkunst eingeweiht - Garant für beste Merzenich-Qualität.

Als Hans Merzenich Änne Bröhlingen, Tochter einer angesehenen Kölner Konditor-Familie, kennenlernte und heiratete, gründeten sie in der Weyerstraße eine Familie. Frau Änne hatte im Familien- unternehmen ihren Platz im Laden. Als 1941 Vater Bernhard Merzenich starb, führten Hans und Änne das Familiengeschäft allein.

Es ist der Zweite Weltkrieg: Die Weyerstraße liegt in Schutt und Asche und ebenso die Bäckerei. Die Familie überlebte die Bombenangriffe, aber das Wohnhaus ist eine Ruine. Die Bäckerei mit der Backstube im Keller hielt stand. Man richtete die Backstube und die Öfen wieder her, so gut es ging. Statt des schönen Ladens mußte man sich mit einer Holzhütte zufriedengeben, froh, daß man sie überhaupt organisieren konnte. Man konnte Brot verkaufen, das war das Wichtigste überhaupt.

Bald nach dem Krieg wurde in mühevoller Arbeit die Weyerstraße und auch das Wohnhaus Merzenich mit der Bäckerei wieder aufgebaut. Vom Schicksal blieb die Familie nicht lange verschont. 1957 starb Hans Merzenich plötzlich und unerwartet. Fritz Merzenich, der jüngste der drei Söhne – 18 Jahre und mitten im Abitur – entschied sich spontan für die Backstube und eben doch gegen die akademische Zukunft. Zusammen mit Mutter Änne leitete Fritz Merzenich das Familienunternehmen.

Am 30. Juni 1964 – mit Vollendung des 25.Lebensjahres - hielt Fritz Merzenich den Meisterbrief mit „sehr gut“ in den Händen. Änne Merzenich wußte nun, daß sie sich ruhigen Gewissens aus der aktiven Arbeit des Geschäftes zurückziehen konnte und übergab den Familienbetrieb „Weyerstraße“ an ihren Sohn Fritz, der im Juli 1964 in die Handwerksrolle Köln eingetragen wurde.

Bäckermeister Fritz Merzenich setzte bald die lang gereifte Idee in die Tat um, das Familienunternehmen zu vergrößern. Im nördlichen Kölner Stadtkern – auf dem Eigelstein 89 - eröffnete er bereits 1965 sein zweites Bäckerei-Fachgeschäft mit Backstube. Rechtsrheinisch folgte auf der Frankfurter Straße Nr.48 im Jahre 1967 das dritte Bäckerei-Fachgeschäft mit Backstube. Kurze Zeit darauf fand sich in Mülheim am Wiener Platz/Frankfurter Straße 15 ein höchst interessanter Standort mit extrabreiter Front und großzügigem Grundriß – nur für eine Backstube war kein Platz. Warum sollten die drei Backstuben nicht auch für den vierten Laden mitbacken können? Fritz Merzenich spezialisierte nun die drei Backstuben auf die Herstellung von Brot – Teilchen – Torten. Ein kleiner neuer Lieferwagen pendelte den ganzen Tag zwischen den vier Geschäften.

Die Präsenz auf den wichtigen Lebensmittel-Einkaufsstraßen in Ehrenfeld, Sülz und Kalk konnte nur mit einer großen Backstube für die Versorgung aller Läden verwirklicht werden. Fritz Merzenich fand im Stadtteil Niehl, direkt am Kreisel einen idealen Platz für die neue Backstube.

Im Jahr 1974 eröffnete Merzenich auf der Deutzer Freiheit die erste Bäckerei Deutschlands mit Stehcafé. Früher kaufte man in der Bäckerei nur ein und trug Brot und Backwaren nach Hause. Der Verzehr in einer Bäckerei war damals – anders als in den USA – noch gänzlich neu. Bald gehörten auch bei uns Stehcafés und Sitzcafés im Rahmen eines Bäckerei-Verkaufsgeschäftes zum gewohnten Stadtbild.

Im Schatten des Doms eröffnete das Familienunternehmen Merzenich die erste Bäckerei im Fußgängerbereich eingangs der Hohe Straße direkt am Wallrafplatz, um für seine Kunden in der City präsent zu sein. Merzenich in aller Munde!

Die Bäckerei Merzenich entwickelte sich über die darauffolgenden Jahre kontinuierlich und innovativ weiter mit Geschäften in Nippes auf der Neußer Straße, direkt am Kaufhof und 1982 am Neumarkt. Ein Jahr später wagte man den ersten Schritt über die Stadtgrenzen Kölns hinaus und eröffnete in der Fußgängerzone Leverkusen ein Bäckerei-Fachgeschäft mit Sitzcafé und Außenbewirtschaftung im Sommer. Im Herzen von Düren entstand kurz darauf das 15. Geschäft, natürlich auch mit Sitz-Café. Ebenso stolz sind die Merzenich-Bäckereien auf ihre weiteren fünfzehn Verkaufsgeschäfte, meist mit Café, in Lagen, die über den Kölner Raum hinaus bekannt sind – Hohe Straße/ Schildergasse gegenüber dem Kaufhof, am Gürzenich und im Richmod-Haus in der Neumarkt-Galerie.

Merzenich kristallisierte sich jedoch mit seinem extrem hohen Anspruch an beste Backqualität und besten Service immer mehr zu einem Trendsetter in der Bäckereibranche. Der Marktkieker – sozusagen der Oscar im Lebensmittelbereich – wurde 1990 an Fritz Merzenich verliehen für richtungsweisende und herausragende unternehmerische Leistungen, gestiftet von der renommierten Fachzeitschrift „BackJournal“.

Nach über 30 Jahren persönlichen Einsatzes holte 1997 Fritz Merzenich seinen Sohn Richard in das Familienunternehmen. Die vierte Generation führt nun die traditionsreiche Bäckerei ins neue Jahrtausend.